1993年1月8日，经国务院批准，撤销太仓县，设立太仓市（县级）。3月28日，太仓市成立大会召开。

1993年8月6日，太仓克恩-里伯斯弹簧有限公司成立，为太仓市第一家德资企业。至2023年2月，在太德企超470家。

1995年12月3日，国务院批准太仓港为国家一类口岸，对外国籍船舶开放。1997年1月18日，太仓港举行开港典礼，时任国务院总理李鹏为太仓港题词“开创太仓港建设新局面”。

1998年11月，太仓开展行政区划调整，22个镇合并成18个镇，后历经4次行政区划调整，目前太仓共设6镇2街道。

2002年，新浏河北岸风光带开工建设。2007年，金仓湖公园开工建设。2008年，天镜湖开挖启动。现已成为市民休闲娱乐好去处。

2003年5月21日，双凤镇维新村发现马桥文化和良渚文化时期遗迹，后定名为太仓维新遗址。该遗址距今4500年左右，为太仓境内发现最早的人类活动遗址。

2004年8月16日，沿江高速公路太仓段竣工并试运行，为太仓境内第一条高速公路，结束了太仓没有高速公路的历史。

2005年，太仓在首届全国综合实力百强县市评比中入选前10位，其后，持续稳居综合实力百强县市前十。

2007年2月6日，太仓城市精神确定为“精致、和谐、务实、创新”，并向社会公布。

2008年，太仓在全国率先启动“政社互动”探索实践。2017年6月，“政社互动”经验举措写入中共中央国务院《关于加强和完善城乡社区治理的意见》。

2008年底，太仓市图博中心（图书馆、博物馆）、太仓市文化艺术中心（大剧院、文化馆）和太仓传媒中心作为政府实事工程开工，并于2011年正式落成，这标志着太仓文化事业建设跨入了新的发展阶段。

2008年11月24日，国家商务部和德国经济部共同授予太仓全国唯一“中德企业合作基地”称号。2012年4月，工信部授予太仓全国首个“中德中小企业合作示范区”称号。

2010年2月2日，科教新城党工委、管委会成立。2017年5月，太仓高新技术产业开发区和科教新城实施“区城合一”管理体制。

2010年12月，太仓首次获得“中国最具幸福感城市（县级）”荣誉。至2022年，太仓11次获此殊荣，7次位列县级市榜首。

2011年6月29日，国务院批准太仓港经济技术开发区升格为国家级经济技术开发区。

2011年，市委市政府明确提出建设现代田园城市。按照生产布局集约、生活空间宜居、生态空间水清地绿等要求，努力走出具有太仓特色的城乡统筹、集约高效、低碳生态、和谐幸福的城市建设发展道路。

2012年8月，国家六部门印发《关于开展城乡居民大病保险工作的指导意见》，推广大病医疗再保险“太仓模式”。

2012年，太仓获评国家现代农业示范区。太仓深入加快建设农业强、农村美、农民富的新时代鱼米之乡，努力打造乡村振兴“太仓样板”。

2013年3月，住建部授予太仓“中国人居环境奖”称号，该奖项是全国人居环境建设领域最高奖项。

2013年5月31日，太仓市连续3次获得四年一届的“全国平安建设先进县”称号，获全国社会治安综合治理工作最高奖项“长安杯”，成为全省首获“长安杯”的县级市。

2015年3月31日，德国中心签约落户太仓，成为中国境内继北京、上海之后的第3个德国中心，也是德国在全球设立的第8家德国中心。

2015年12月，市委提出“做好‘以港强市’‘接轨上海’‘对德合作’三篇文章，增强动力活力”。此后，太仓不断赋予“三篇文章”新内涵，推动区域协调发展，更好融入国内国际双循环，积极服务构建新发展格局。

2018年9月，省政府批复设立江苏省太仓高新技术产业开发区。

2018年，市政府分别与西北工业大学、西交利物浦大学签订合作协议，共建西北工业大学太仓校区、西交利物浦大学太仓校区。2021年、2022年，两校区先后建成，和2004年设立的苏州健雄职业技术学院一起，构成太仓多层次、多形式的高等教育体系。

2020年7月1日，沪苏通铁路正式开通运营，太仓站、太仓南站正式启用，太仓结束“地无寸铁”的历史。

2020年9月25日，娄江新城建设领导小组、娄江新城建设指挥部成立，娄江新城建设拉开帷幕。

2020年11月10日，太仓市获评“全国文明城市”，社会文明程度和市民文明素质显著提升。

2021年10月17日，瑞金医院太仓分院培土奠基。太仓分院为政府办非营利性公立医院，将建设成一流三甲医院，打造成健康长三角建设示范项目。

太仓在“2020中国县级市全面小康指数前100名”中位列第三。2021年，全面建成小康社会，成为全国城乡居民收入差距最小、农民收入最高的城市之一。

2022年12月，太仓港集装箱吞吐量突破800万标箱、货物吞吐量突破2.6亿吨，集装箱吞吐量连续5年位居全省第一，集装箱港口排名位居全国第8位、全球第25位。入选港口型国家物流枢纽。